Nach der wirtschaftlichen Übernahme der Dow Chemical Company am 01.06.1995, welche den von der Treuhandanstalt 1994 gebildeten mitteldeutschen Olefinverbund übernahm, wurde die Werkbahn zur „Betriebsabteilung Eisenbahn Werk Schkopau und Werk Böhlen“. 1997 wurden die Betriebsabteilungen „Eisenbahn Werk Schkopau“ und „Eisenbahn Werk Böhlen“ der BSL zu einer Betriebsabteilung „Eisenbahnbetriebe BSL“ zusammengefasst. Im Rahmen des Restrukturierungsprogramms der Dow Chemical Company erfolgte zum 01.10.1998 die Ausgliederung der „Eisenbahnbetriebe BSL“ an eine Bietergemeinschaft aus DB AG und Transpetrol GmbH Internationale Eisenbahnspedition – die Geburtsstunde der Mitteldeutschen Eisenbahn GmbH.

Im Jahre 1996 wurden für das Chemiewerk Schkopau der BSL ca. 20.000 Wagen und für das Kraftwerk Schkopau ca. 60.000 Güterwagen im Eingang durch die Werkbahn bewältigt. Dies entspricht einer Gütermenge von ca. 4,5 Mio. Tonnen. Im Jahr 1997 erfolgte die Zusammenlegung der bisherigen Betriebsabteilungen Eisenbahn der Werke Schkopau und Böhlen zu einer Betriebsabteilung.

1994 / 1995 übernahm die Dow Chemical den inzwischen aus den Chemiewerken Buna in Schkopau, den sächsischen Olefinwerken in Böhlen und einem Teil des Leuna Werkes in Leuna gegründeten Olefinverbund und bildete die BSL Olefinverbund GmbH. Die Werkbahn Buna wurde „Betriebsabteilung Eisenbahn Werk Schkopau“ dieses Unternehmens.

Nach den wirtschaftlichen Veränderungen Anfang der 90er Jahre, als aus dem Kombinatsbetrieb die Sächsischen Olefinwerke AG Böhlen als ein Unternehmen der Treuhandanstalt entstand, blieb die Werkbahn von tiefgreifenden Struktur- und Personalveränderungen nicht verschont. Zahlreiche Ausgliederungen von Betriebsabteilungen, zum Beispiel der Abteilung Gleisbau und Sicherungstechnik, das Verschrotten von Fahrzeugen und die Demontage von Gleisanlagen prägten das Bild in dieser Zeit. Vier Lokomotiven der verbleibenden fünf Lokomotiven der Baureihe V60 wurden mit Caterpillar Motor 3412 DITA remotorisiert und mit Funkfernsteuerung System Theimeg ausgestattet. Die eingebaute automatischen Rangierkupplungen an den Lokomotiven bewährten sich durch die zahlreichen Wendefahrten nicht und wurden wieder entfernt.

Besonders die Aufgabe der Karbidproduktion im Jahr 1991 führte zu einem dramatischen Rückgang der Bahntransporte, so dass weiterhin ein umfangreicher Personalabbau notwendig war.

Die Werkbahn wurde durch die Einführung von UKW-Rangierfunk, der Beschaffung von fünf Dieselloks der Baureihe V60 und der Inbetriebnahme von vier Gleisbildstellwerken modernisiert. Eine Diesellokpflegestation rundete die Investition ab. Das letzte Großereignis der Werkbahn unter staatlicher Planwirtschaft war die offizielle Inbetriebnahme des Gleisbildstellwerks Typ WSSB GSII  IB am 30.05.1985 im Werksbereich „Pulgarfeld“.

Der Wageneingang und Wagenausgang betrug 1962 ca. 170.800 beladene Waggons. Dabei wurden umfangreiche Produkte und Hilfsstoffe wie Chlor, Lauge, Schwefel, Butan, Gasöl, Teeröl, Diesel, Benzin, Heizöl, Kalk, Briketts, Koks und Filterasche transportiert. Zur Bewältigung der Transportaufgaben stand Infrastruktur mit einer Länge von 56,2 km Normalspurgleis, 14,6 km Schmalspurgleis, 164 Weichen, 2 Gestängestellwerke, 4 Schrankenposten, 1 Weichenposten und 18 Seilrangieranlagen bereit. Der Fahrzeugpark umfasste 16 Dampfspeicherlokomotiven, eine Diesellok (V75), eine elektrische Speicherlok, zwei Gleiskrane und 169 Güterwagen, wovon 40 Wagen auf DR-Gleisen zugelassen waren. Die Beschäftigtenzahl belief sich auf 278 Mitarbeiter. Das Produktionswachstum und das dazugehörige Transportaufkommen stieg zwischen 1950 und 1970 um 9,2% pro Jahr.

Die Inbetriebnahme eines Gleisbildstellwerkes GS III Sp 68 1983 und der damit verbundenen Stilllegung der Vierreihenstellwerke sowie die Einführung der Funkfernsteuerung von 2 Rangierlokomotiven der
BR V 60 ab 1984 gestalten die Abläufe rationeller.

Mit der Gründung des Kombinates „Otto Grotewohl“ Böhlen im Jahr 1952 wurden die Kohle-, Energie- und Kraftstoffbereiche zusammengeführt und in das DDR-Staatseigentum überführt.

Die Werkbahn verfügte 1948 über 12 Feuerloks (davon 3 werkseigene BR 42 und BR 55 sowie 9 Leihlokomotiven der DR), 6 Dampfspeicherloks und 7 Dieselloks BR V36 für die Bewältigung des Zug- und Rangierbetriebes. Der Wageneingang entwickelte sich von 88 000 Wagen im Jahre 1948 auf 205.000 Wagen im Jahr 1967, damit mussten im Anschlussbahnbetrieb 1967, inklusive des werksinternen Verkehrs, rund 300.000 Wagen bewegt werden.

Bis April 1945 wurden mit 10 Lokomotiven (Diesel-, Dampfspeicher- und Feuerloks) und eigenen Güterwagen rund 1 Mio. Tonnen Kohle für die 2 Werkskraftwerke, 1 Mio. Tonnen Branntkalk und 721 kt Koks für die Karbidfabriken sowie 235 kt Salz für die Chlorproduktion im Werkbahnverkehr bewegt. Ergänzt wurden diese Transporte noch mit der Zuführung von Rohstoffen für die Buna-Kautschukproduktion und der Abfuhr der Kautschukproduktion über die Schiene.

Die sich hieraus entwickelnde Anschlussbahn mit eigener Betriebsführung hatte die Zuführung der benötigten Roh- und Hilfsstoffe und den kontinuierlichen Absatz der erzeugten Produkte der Kohle-, Energie- und Kraftstoffproduktion sicherzustellen. So erreichte zum Beispiel die Jahresproduktion der BraAG allein 240 kt Kraftstoff und durch die Erweiterung des Territoriums „Westgelände“ auch eine immense Erweiterung der Gleisanlagen. Die damals errichtete sogenannte Millionenbrücke wird noch immer für den Zugverkehr genutzt.

Die Entstehung einer Brikettfabrik und eines Energiekraftwerkes sowie deren Ausbau in den Jahren 1925 bis 1927, der Bau eines Hydrierwerkes unter Leitung der Braunkohle-Benzin AG Berlin (BraAG) 1935 und die Inbetriebnahme des Druckgaswerkes im Jahre 1940 erforderte parallel dazu den Ausbau eines leistungsfähigen Transportmittels.