Der wirtschaftliche Zusammenbruch zu dem es 1990 in den Neuen Bundesländern kam, führte auch in den Buna-Werken zu einem umfangreichen Entwicklungs- und Sanierungsprogramm, und in der weiteren Folge mit der Privatisierung des Werkes zu Restrukturierungsmaßnahmen in nahezu allen Bereichen. Auch der Bereich der Werkbahn wurde davon betroffen. Durch Stilllegung zahlreicher Produktionsanlagen sowie der Kraftwerksanlagen und deren Abriss, wurde der sukzessive Rückbau von Gleisanlagen (58 km Gleis und 211 Weichen) notwendig.
Ebenso wurde der Fahrzeugpark der Werkbahn reduziert. Es kam zur Stilllegung, Verschrottung und Verkauf von Triebfahrzeugen (10 V 60, 4 V 180) sowie zur Verschrottung und zum Verkauf des werkseigenen Güterwagenparkes (836 Wagen).