Nach den wirtschaftlichen Veränderungen Anfang der 90er Jahre, als aus dem Kombinatsbetrieb die Sächsischen Olefinwerke AG Böhlen als ein Unternehmen der Treuhandanstalt entstand, blieb die Werkbahn von tiefgreifenden Struktur- und Personalveränderungen nicht verschont. Zahlreiche Ausgliederungen von Betriebsabteilungen, zum Beispiel der Abteilung Gleisbau und Sicherungstechnik, das Verschrotten von Fahrzeugen und die Demontage von Gleisanlagen prägten das Bild in dieser Zeit. Vier Lokomotiven der verbleibenden fünf Lokomotiven der Baureihe V60 wurden mit Caterpillar Motor 3412 DITA remotorisiert und mit Funkfernsteuerung System Theimeg ausgestattet. Die eingebaute automatischen Rangierkupplungen an den Lokomotiven bewährten sich durch die zahlreichen Wendefahrten nicht und wurden wieder entfernt.